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2022年4月发表:PV多组分析、透明肾癌的导管家族预测及生物学功能
背景调查
即时受体电位(TRP)通道参与检测各种细胞和外界刺激,TRPV1-6家族参与肿瘤的形成和进展,Trp等。透明细胞性肾癌(ccrcc)的生物学功能和可预测价值目前未知
资料来源
65432 + 4R
研究流动的过程
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最大的水果
1.TRPV家族的基因图谱
首先,我们发现了基于GTEx的TRPV1-6数据库在正常器官和组织中的分布,然后我们发现了Trp v1-6(GEP 1)在肿瘤和正常组织之间的分布,并使用tcga-kirc队列和GSE
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图1: TRPV家族在正常人体组织和肿瘤组织中的分布
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图2:CCRC中的trv家族基因
2.Trp家族的基因改变和蛋白质网络
使用cBioportal工具评估538个KIRC实例中的更改频率,该网络显示PV家族与20个可能的目标基因的交互作用,表明TRPV家族可能是其中一个最重要的成员
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图3 trpvs的基因组变化和基因和PPI网络配置
3. ccrcc中TRPV家族生存分析
CCRC单因素回归分析显示TRPV1和TRPV3表达较高,多变量Cox回归分析显示TRPV3表达较高,TRPV3表达较低是CCRC患者的OS独立危险因素,tiger-Meier分析显示Trp-Meier表达较高
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图4:CCRC中Trp家庭生存分析
4.TRPV家族在ccrcc中的预测和识别意义
由于TRPV3和TRPV4是潜在的生物学家,作者开发了一列TRPV3/4表达式和TNM循环来预测ccrcc患者的总寿命
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图5 TRPV家族在ccrcc中的预测和诊断值
5. ccrcc患者的TRPV3表达与临床参数相关
使用IHC染色体验证CCRC组织与正常组织之间的TRPV3蛋白水平表达,GSCA数据库使用TRPV1-6表达的CCRC病理时间的关系评估TRPV3表达的临床价值
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图6 Trp v3与临床参数相关联
6. ccrcc中TRPV3的DNA甲基化分析
通过使用GSCA工具分析TRPV3甲基化和TRPV3 mRNA,我们发现trpv3 mrna甲基化可以参与CCRC和CCRC患者的预测
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图7:CCRC中TRPV3的DNA甲基化分析
7. ccrcc中的丰富功能分析3C
使用TCGA-KIRC队列对DEGs执行GO和kegg富集分析,以识别低表达组之间的537个变化
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图8:CCRC中与TRPV3相关的常规群集的功能富集分析
8. ccrcc中Trp的免疫渗透分析
根据gse73731资料集,使用ticib软体演算法分析ccrcc样本中22个肿瘤的免疫细胞比率,每22个TRPV3-low群组和TRPV3-high群组之间的10个比率都不同
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图9在ccrcc中的TRPV3。免疫细胞修复分析
9.TRPV3和免疫控制之间的联系
使用GGPlot 2" R包来评估TRPV3与免疫检查点的关系
65432 + 155号
图10:在ccrcc中,TRPV3表示式与免疫控制点相关联
在ccrcc中建立snhg 3/al737.1-mir-10b- 5p Trp v3轴
通过在线网站,TRPV3的上游预测miRNA和lncRNA,免疫30
65432 + 161号
65432 + 171号
图11:snhg 3/al497.1-mir-10b- 5p-Trp v3轴的配置
一篇小文章
本研究利用基因家族分析和单基因多组分析(转录组)来分析想法,使其对自然热症免疫于微环境